1.重點有三人：Solid Snake、Liquid Snake、Solidus Snake
2.Metal Gear 系列年代先後順序：
Metal Gear Solid 3：Snake Eater（PS2版）
Metal Gear Solid OPS（PSP版）
Metal Gear（MSX2版）
Metal Gear 2（MSX2版）
Metal Gear Solid（PS版）
Metal Gear Solid 2：Son of Liberty（PS2版）
Metal Gear Solid 4：Guns of the Patriots（PS3版）
1964（美國跟蘇聯冷戰時期）
Metal Gear Solid 3 : Snake Eater（2004 在PS2上發售）
代 號 Naked Snake (本名 Jack) 被派去蘇聯救出蘇俄科學家 Sokolov，一位被囚禁、製作 Metal Gear Shagohod 的核子武器家。Snake透過無線電跟他出任務所屬的 Fox小隊來進行任務。 Fox小隊包括恩師以及對Snake來說算是母親的 The Boss，Major Tom (戰術指導)、Para-medic (動物、醫藥指導)、和Sigint (武器指導)。
就 當任務結束，一切都看似順利的情況下， Snake帶著 Sokolov 要去直升機迎接點時，Snake 在吊橋上遇到了 The Boss。不過此時The Boss是帶領著她以前在戰場上的眼鏡蛇小組 (Cobra unit)，她加入了蘇聯 Volgin的軍隊，背叛美國政府。 Snake 在吊橋上跟 The Boss打鬥，The Boss 把 Snake 丟下吊橋，落入下面的急流中，Snake 身受重傷。 而後 Volgin 朝向自己的蘇聯的軍隊射了一發 The Boss給他的小型核彈 (Davy Crockett)，目的為的就是讓蘇聯政府混淆視聽，以為是美國幹的。
一個禮拜以後，Major Tom 要 Snake 重新上任務。俄羅斯責怪美國一週前的核彈爆發事件，並要求美國馬上證明他們的清白，不然就對美國展開戰爭。美國第36任總統 Lyndon Baines Johnson 在跟蘇聯總理 Nikita Sergeyevich Khrushchyov 的密談中承諾，他們會阻止 Volgin 使用 Metal Gear Shagohod，並以叛國者的罪刑殺掉 The Boss。所以 Snake 又跟著 Fox組織出任務。
Major Zero (Major Tom 改了他的代號名稱)、Para-medic、Sighit。 Snake又回到了原本救 Sokolov 的地方來跟 Fox小隊在 Volgin 軍隊裡的間諜見面，間諜的代號名稱 Adam，但找到的卻是代號 EVA 的女性。兩人見面後的早上，Snake 跟 Volgin 軍隊旗下的特種小隊山貓部隊打了起來，由年輕的 Ocelot 領導著這個小隊， Snake 用著戰場上豐富的經驗打贏了這個小隊，並放了 Ocelot 一條生路，說他還年輕。而後在完成任務途中，Snake 又跟 Ocelot 第二次衝突，跟眼鏡蛇小組作戰，the Pain、the Fear、the Fury，the End。就這樣一路過關斬將
Snake 來到了 Groznyj Grad，Volgin 放置 Shagohod 的地方，Snake決定先去救 Sokolov 。他偽裝成裡面的一個上校 Raikov (Raiden惡搞角色)，進入到囚禁 Sokolov 的地方。但是而後 Volgin 進來，並且抓了 Snake 蛋蛋（Raikov 是 Volgin 的地下情人），Snake被認出，隨即被囚禁拷打。 ，就在拷刑過程中，Ocelot 用著他的左輪一顆、一顆的瞄準著 EVA，(裡面只放一顆真子彈) 逼著 Snake 招供，而 Snake 看準著 Ocelot 準備開向有子彈的槍孔瞬間，撞了 ocelot、而子彈就這樣打瞎了Snake的右眼，這時 The Boss 勸服 Volgin 以後再來拷問
Snake 也在那之前逃了出去。 Snake 藉著 EVA 的幫忙，任務繼續下去。在 Snake 再度朝向摧毀 Shagohod 前去時，他知道了一些有關於賢者們(Philosophers，之後變成稱愛國者、Patriots，La-Li-Lu-Le-Lo)的事。他們來自美 國、蘇聯、中國，是幕後有最高權力的人掌管世界的人。 (各國總統誰當、戰爭要不要引起，總總大小事都他們管) ，世界大戰二之後，他們開始起了爭執，而組織也就這樣消失了。賢者的遺產，(Philosopher's Legacy)，是一筆高達一兆的資金，當時是賢者們募集起來打算用在資助在戰爭上。 而 Volgin 藉由父親的關係得到了這筆資金，Snake 也知道了美國政府想拿回這筆資金。
Snake 來到了 Shagohod 所在地，打算用定時炸彈摧毀它，卻被 Volgin 發現，兩人就這樣打了起來，打贏了 Volgin，Snake 成功的讓炸彈引爆，並逃離了 Shagohod 所在的工廠。然而卻沒想到 Volgin 竟然沒死之外，還開著 Shagohod 猛追Snake。一場對決之後，Snake 跟 EVA 的聯手下，摧毀了 Shagohod。Snake 和在途中受重傷 EVA 就這樣一路逃亡到湖邊的飛機，而Snake 在上飛機前，去面對 The Boss來場最終的對決。對戰前，The Boss 告訴 Snake，她在一次戰役中生了一個小孩，(孩子的爸爸是 The Sorrow)。但她不並知道這個小孩的下落。在這之前，EVA 曾透過無線電跟 Snake 說過，Ocelot 為什麼在這麼年輕就能當上少將，因為他雙親是傳奇士兵。 而生Ocelot時，他母親需要剖腹生產，而他母親留下了一個長條蛇狀的疤。由這些就可以間接證明，The Boss的小孩是Ocelot。 The Boss告訴 Snake，如果他想要完成任務，就必須殺死她。 而 Snake 壓抑了自己的情感完成了他的任務。就在 Snake 跟 EVA 起飛要逃離時，Ocelot 追了上來，並進入飛機中。說要跟 Snake 來場比運氣的射槍。兩把左輪、其中一把中有顆子彈，而其實那顆子彈也是空砲彈。就這樣跟Snake 說了幾句就跳下了飛機，掉入湖中。
Snake 和 EVA 來到了阿拉斯加，並且和 EVA 慶祝任務的成功。 隔天早上，EVA 不見人影，只剩一捲錄音帶，EVA 告訴 Snake他其實是為中國政府做事的間諜，是來盜取賢者的遺產。而 The Boss 之所以看似叛變美國政府，其實都是美國政府給她的任務，要她竊取賢者的遺產，只是沒料到 Volgin 引爆小型核彈，所以只好犧牲自己、來幫美國政府平穩蘇聯的憤怒。 The Boss 所做的一切，不會被任何人知道，一切只會存在 Snake 的心中。她在其他眾人、歷史中，只會被當做一個冷血幫助發射核彈、和一個國際罪犯背叛自己國家。 Snake在 Berkely 被給予 The Big Boss 的稱號，Snake 授完勳章後就提早離開了慶祝會。他去了一個無名墓碑，上面寫著"紀念一個拯救世界的愛國者"，Snake獻上了鮮花跟The Boss的愛槍，而後Snake給墓碑一個敬禮，並留下了男子漢的眼淚。
在製作名單後，有著 Ocelot 跟其他人對話。 Ocelot其實就是亞當，EVA拿走的那一半賢者遺產是假的，而Snake則是幫美國拿回了一半，而 Ocelot其實是幫 CIA工作。 (ps.他到處當間碟，也不是真的是CIA)
註: Volgin是當時的蘇聯政府反叛軍，他是幫以後會當上總理的 Leonid Brezhnev。
這一代整個事件可以簡稱為Groznyj Grad，Shagohood 所藏的地點。
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1970 (San Hieronymo)
Metal Gear Solid: Portable Ops (2006在PSP上發售)
Snake 得到 Big Boss稱號六年後，他退出了 Fox小隊，並且拒絕使用 Big Boss 稱號，保留了原本的代號 Snake。
新 的 Fox小隊從原本隸屬於 CIA，變成了叛亂組織。 而 Snake 成了 FOX小隊的攻擊目標，遊戲一開始 Snake 就被 Fox小隊囚禁，並且被裡面的一個成員中尉 Cunningham 拷刑，他問Snake有關那消失的另一半賢者遺產，美國有 Snake 拿回來的一半。Snake被關在 Roy Campbell旁邊，一個被派來這裡調查的美國特種部隊成員。 Snake從 Campbell 口中得知，他們現在是被囚禁在位於哥倫比亞一個已經被遺棄的隱密蘇聯飛彈發射站。
之後 Snake 和 Campell 從監獄逃了出來， Snake 朝通訊台去， 他打算跟他以前的Fox小組夥伴 Major Zero 連絡。然而他並沒有聯絡上 Major Zero，反而是遇到了以前的 Fox小組夥伴，Para-Medic 和 Sigint。他們跟 Snake 說，Snake 和 Major Zero 現在被冠上背叛的罪名，唯一解除的辦法就是找到，並逮捕現任的 Fox小組領導人 Gene。Gene 有控制他人的聲音能力，而他在此處說服了大部分還被留守在這的蘇聯紅衛兵加入他的軍隊，而 Snake 也必須說服裡面的士兵來幫忙完成他的任務。
就 這樣 Snake 和他的小隊陸續打敗了 Fox小隊的高階組員，Null 算是之中最要的一位(後來變成了我們所知道的隱形忍者 Gray Fox)。然後他們朝著 Gene 的大本營前去。路途上，Snake 也得知了很多情報。 Cunningham 是為五角大廈工作，他想要 Snake 迫使 Gene 對蘇聯
發射核彈來延長冷戰的時間，好讓五角大廈能繼續保有他們重要情資的地位。(五角大廈是美國的國防部，包括了控 制軍隊的行動等等) 而其實從一開始 Gene 就有注意到 Cunningham 的計畫，因為他有得到 Ocelot 的情報。 所以 Gene 其實是想要對美國發射核彈，來摧毀美國的賢者們，然後建立一個屬予他的士兵國度，"Amry's Heaven"。 Snake 打敗了 Gene，隨後也打沉要飛向美國五角大廈的 Metal Gear 核彈。 而 Gene 在臨死之前，給了 Snake 一個資料片，裡面有 Gene 所募集的資金、設備，跟人才。Gene 大致說到：你跟我是一樣的，總有一天你會利用到他的，去尋找你的使命吧。
遊戲場景來到 了 Ocelot 處，他跟 CIA 的最高長官見面，Ocelot 是賢者的三面間諜。 他說是來接應 CIA 長官是因為核彈朝五角飛來，CIA長官說到他要先把賢者的名單、資料，賢者遺產資料，跟他帶著一起走。 而 Ocelot 聽到了他想要的東西，並把 CIA長官殺死。在CIA長官死前，Ocelot 說到有了這份名單，他就能解決賢者們，並且延續真正的愛國者意志。
而 Snake 在最後跟 Campbell 說話說到，他只能再戰場中生存，並且他必須把繼承的東西遺傳下去（Gene給的），他成立了Foxhound小隊。
Ocelot 跟不知名人士打起了電話。Ocelot 說到，一切有關奪取賢者們的資料、和遺產計畫，都在和他對話的人士計畫中。 也說到了以後的一些計畫，士兵的戰鬥資料，基因。 而 Ocelot 跟這個人說了一個條件，他要 Big Boss 的協助，如此一來，他們便能成立愛國者們。
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1972
Les Enfants Terribles
一個利用 Big Boss Naked Snake 的血液來製作最終士兵的實驗。 而最終得到的成果為三個"terrible children"。 分別為Solid Snake、Liquid Snake，和 Solidus Snake。
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1995 (Outer Heaven)
Metal Gear (1987在MSX2上發售)
一 個位於南部分洲的軍事基地 Outer Heaven，據說是一位"傳說中的傭兵"創立，有消息指出 Outer Heaven 正在建造一個火力強大的兵器。政府要特種部隊 Foxhound， 派出人手來調查，解決在 Outer Heaven 的危險。 Foxhound 派出 Gray Fox 調查 Outer Heaven 潛在的危險。 幾天後，Gray Fox 失去了連絡，而最後的訊息是"Metal Gear..."
所以 Foxhound 最新的人選，就變成由 Big Boss 指派的 Solid Snake，任務是救出 Gray Fox 和完成 Gray Fox 沒完成的任務，任務名為 "Opeartion: Intrude N313"。 當 Solid Snake 潛入了 Outer Heaven，他認識了一些當地的反派組織夥伴，分別是 Kyle Schneider，Diane 和 Jennifer。就這樣 Solid Snake 運用他所有的所學能力、和沿途拿的道具，Solid Snake 救出了 Gray Fox。他從 Gray Fox 口中得知 Metal Gear 是有著能在何時何地發射核彈的移動坦克，而且本身還具備著極優越的作戰能力。 Outer Heaven 打算藉由 Metal Gear來佔領世界。
為了能摧毀 Metal Gear，Solid Snake 救了一個最主要的 Metal Gear 設計師 Dr. Pettrovich，和他的女兒 Elen Pettrovich。得知了如何摧毀 Metal Gear， Solid Snake 也擊敗了幾乎整個 Outer Heaven 的武力。 Solid Snake 也慢慢注意整個事情太不合常理，事情絕不單純，他的夥伴之一，Schneider 被敵人偷襲致死。 其中一個 Solid Snake 最後救的人質告訴他，那個神祕的 "傳說中的傭兵" ，就是 Big Boss，而整個 Outer Heaven 就是在他指揮下。
而 Solid Snake 趕在 Metal Gear 完成前摧毀了他。接著他遇到了 Big Boss，Big Boss運用他在美國政府的關係來竊取軍事資料，藉此來創造自己的傭兵武力。 他的計畫就是讓 Outer Heaven 變成世界的最強國，縱使西方先進國也要屈服在他的腳下。他當初要新人的 Solid Snake 來出任務，就是認為他會被抓、然後給美國政府錯誤的情報。不過很顯然地他低估了 Solid Snake。
Big Boss 開始自我毀滅他所創立的 Outer Heaven 並攻擊 Solid Snake。Solid Snake 打倒了 Big Boss， 並從大火燃燒中的 Outer Heaven 逃了出來。
遊戲製作人員名單之後，出現一個來自 Big Boss 的信息。 他說他將會再次遇到 Solid Snake。
註: MSX 2 上的兩款 Metal Gear 因為製作年代較為久遠，那時小島看起來也還沒把龐大的MGS系列劇情做個系統性規劃，(愛國者那些) 所以 Big Boss 在這兩個原本的MG系列，看起來就像個像統治世界的瘋子。並不像MGS3 和 Ops上，那樣有把 Big Boss的感情、想法表現出來。所以這兩款 MG 系列，劇情重要性就不要看這麼重。
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1999 (Zanzibar)
Metal Gear 2: Solid Snake (1990在MSX上發售)
在1990 年，蘇聯跟美國之間的冷戰平穩了下來，並且強國之間有了不用核子武器約束，來讓世界面對光明的21世紀。無論如何，世界並不是那麼平穩。油價的上漲，油的 產量減少，造成了世界性的問題。縱使有新的能源科技，但是世界上的騎乘物還是以石油需求居多。油的存貨量到達了明顯的不足，各國之間認真的打算挖沙漠、和 頁岩油，縱使那是困難重重的事；或是用其他的能源方案。
而這些所有的方案，在捷克生化工程科學家 Dr.Kio Marv眼裡是多麼無意義。他成功培育出了新的海藻種類 Oilix，Oilix可以輕鬆的創造出相當於石油能量的碳氫化合物。他在布拉格的世界能源會議中展示了這個技術，並且接著打算去美國說明這個新技術。就 在往美國的途中， Marv被來自桑吉巴(Zanzibar，位於非洲)的士兵綁架。 北大西洋公約組織發現 Zanzibar的領袖打算管理世界，藉由著掌管世界能源和所盜取來的核子武器。於是 Solid Snake 又被新的 Foxhound 的指揮官 Roy Campbell 叫來拯救 Dr. Marv (ps.Campbell時間表上最先出現的是在OPS裡)
就在 Solid Snake 任務的途中，他與一些人合作，包跨 CIA 間諜做採訪員的 Holly White，StB探員 Natasha Marcova (Gustava Heffner)(Dr.Marv 的保鏢)。
Snake 與Petrovich Madnar (Drago Pettrovich Madnar)再次見面，他表示他又再度被綁架來做另外一個 Metal Gear計劃，稱為 Metal Gear D。並且同時幫忙設計沒有核武的量產型 Metal Gear。 Solid Snake 也從 Dr.Madnar 口中得知，Big Boss 沒有死，而他也是現在掌管 Zanzibar島的人。
隨後 Solid Snake 前往拘留 Dr.Marv 的場所，而 Gustava 在途中被 Metal Gear D的飛彈打死，Dr.Madnar 又被敵人抓回去。 Solid Snake 則是逃過了一劫，並且知道 Metal Gear D 的駕駛者就是以前在 Outer Heaven 的夥伴 Gray Fox。 Solid Snake 打倒了在 Zanzibar 島的傭兵精英，並且成功的到達了 Dr.Marv 的拘留處。
但事實 上，Solid Snake 來的太晚了，他找到了 Dr.Marv 被嚴重拷刑的屍體，而他也又看到了 Dr.Madnar，Dr.Madnar 告訴 Solid Snake 他沒辦法拯救Dr.Marv。 隨後當 Solid Snake 找到了 Dr.Marv 的 Oilix 海藻配方時，Holly White 打無線來告訴 Solid Snake，其實 Dr.Madnar 並沒有被綁架，他是自願幫忙做 Metal Gear。當真相被揭發後，Dr. Madnar 朝 Solid Snake 攻擊，當然 Solid Snake 輕鬆擺平了他。
Solid Snake 面對以前的夥伴 Gray Fox 和他所駕駛的 Metal Gear D，隨後打敗了 Metal Gear D，並且和 Gray Fox 來個拳頭對拳頭的肉搏戰。
當 Solid Snake 打敗 Gray Fox 和之前拿到的 Oilix 配方準備逃亡時，他見到了 Big Boss。 Solid Snake 因為沒了裝備，所以只好在所能的範圍中，找能用的武器。他用找到的氣熔膠跟打火機，自己做了土製噴火器，並用它打敗了最強的士兵 Big Boss。第二次、也是最後一次打敗 Big Boss。 Solid Snake 和 Holly White 一起逃出了 Zanzibar，並且把 Oilix 配方給 Campbell 完成了他們的任務。
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2005 (Shadow Moses)
Metal Gear Solid (1998 在 PS上發售)
在2005 年，Foxhound小隊和一個未來科技的特種部隊小組，領導著一個在阿拉斯加的狐狸島上的武裝暴動。 他們的基地稱之為 Shadow Moses，是一個能發射核武的核子武器場，並且他們有著能發射核彈活動坦克車，Metal Gear REX。他們威脅美國政府在 24小時內把"傳說中的傭兵" Big Boss 的遺體給他們， 不然的話就要對美國動用核武。
Solid Snake 再次被 Roy Campbell 派遣去解決這個事件，不同的是 Campbell 不再是Foxhound小組的指揮官而是陸軍上校。Solid Snake 同時被命令去救出美國國防部高等研究計劃局局長 Donald Anderson 和技術部門的總管 Kenneth Baker。 而就當Solid Snake 成功潛入並找到 Anderson 時，他從 Anderson 口中得知 Metal Gear REX 所在的場所，但忽然間 Anderson 卻死於疑似心臟病。而後 Solid Snake 又找到另外一個俘虜 Baker，不過被左輪山貓 Ocelot 綑綁在佈滿炸彈的鐵絲中，Solid Snake 就跟 Ocelot 打了起來。就在途中，一名神祕的半機器人忍者亂入在戰局中，並且砍掉 Ocelot 右手臂和把綁住 Baker的柱子砍壞，而 Solid Snake 則是跟忍者稍微切磋了一下，忍者和 Ocelot 隨後都跑走了。 而 Solid Snake 從 Baker 口中得知有關 Metal Gear 的計畫案，而隨後 Baker 也像 Anderson 一樣，死於疑似急性心臟病下。
Solid Snake 用無線電連絡上稍早前關在 Anderson 旁的女士兵囚犯 Meryl Silverburgh，並且 Meryl 同意和 Solid Snake 碰面，在 Solid Snake 找到Metal Gear REX的設計者 Hal "Otacon" Emmerich。 Solid Snake 在實驗室中找到了 Otacon，半機器人忍者這時也出現了，Solid Snake 察覺到這忍者其實就是多年以前就已經死掉的戰友 Gray Fox。 就這樣和 Gray Fox 打了起來，而 Gray Fox 看似被打到機器故障，而撤隊走了。 而在跟 Otacon 談話中，Otacon 終於明白知道，原來他是在做威脅美國的武器 Metal Gear 這個事實，Otacon 一直以為他是在做有關國家自我防衛的 Metal Gear， Otacon 隨後決定藉著無線電幫助 Solid Snake， 而他自己則是穿著隱形迷彩來躲過敵人。 隨後 Snake 就和 Meryl 見面，他們兩個也同意一起完成這次的任務。 他們兩個一起去地下基地的路上，他們被 Foxhound小組的 狙擊之狼(Sniper Wolf)偷襲，Meryl 中彈，Solid Snake 被逮捕。
就在 Solid Snake 被囚禁當中，Liquid Snake 告訴 Solid Snake 其實他們是雙胞胎兄弟。 Solid Snake 在囚禁期間，終於逮到機會逃出到外面。
Solid Snake 前往 Shadow Moses主要場所。他得知稍早前碰面的 Anderson 其實不是本人，而是 Foxhound小隊的迷彩章魚(Decoy Octopus)。 而後，一個無線電上合作的隊友 Master Miller 匯報 Solid Snake 其實另外一個支援隊友 醫生 Naomi Hunter，她在 Solid Snake 出任務前，就給 他打了名叫 "FoxDie" 的病毒， Naomi 也偷偷的和 Shadow Moses 有訊息秘密來往。 而 Campbell 隨後也逮捕 Naomi。 "FoxDie" 病毒是種會讓有特別基因的人死於心臟病的病毒，這也解釋為什麼稍早前 Decoy Octopus 和 Baker會死掉的原因。而 Naomi 也向 Solid Snake 承認，加入這次的任務就是為了阻止任務的成功。 但是因為知道了 Solid Snake 的過去，她也不再有心致他於死地，所以她重新設計 FoxDie 病毒， 讓 Solid Snake 不會馬上死於病毒。
Solid Snake 在 Metal Gear REX 所在的位置竊聽到了有關如何阻止 REX 啟動的辦法。 照著那個方法去做時，沒想到卻啟動了 REX。 而夥伴 Master Miller 用無線電打來跟 Snake說其實他就是 Liquid Snake，並且告訴 Solid Snake， 他和 Solid Snake 其實是 Big Boss 的基因複製人，他們是在1972年的 Les Enfants Terribles計畫中被創造出來，而他也告訴 Solid Snake，Solid Snake 有著Big Boss 強壯的顯性基因、而他卻只有隱性基因，對於這點他恨死 Solid Snake 把所有好的基因都拿走。
在 Gray Fox 的犧牲性命下， Solid Snake 摧毀了 Liquid Snake所駕駛的 REX， 並在在肉搏戰中打贏了 Liquid Snake。 和 Meryl重逢，他們逃出 Shadow Moses，然而 Liquid Snake 又追了上來。 當他們逃出了 Shadow Moses 同時，Liquid 卻在最後死在 FoxDie。 Campbell 則是命令空中支援，破壞在 Shadow Moses證據， 並且宣佈 Solid Snake 已經在任務中死亡，讓美國政府以後不要再找 Solid Snake。 而 Solid Snake 也在最後跟 Meryl 的對話中說到，他不想再只是聽從政府的工具，他想要為自己的信仰而戰。
在結局過後，聽到了 Ocelot 跟美國總統的對話。Ocelot 說到 Liquid Snake 其實才是有著最優良的 Big Boss 顯性基因的人、而不是 Solid Snake 。而 Solid Snake 體內的 FoxDie 則是因為 Naomi 重新設計病毒的關係，所以無從得知 Solid Snake 到底什麼時候在會死於 FoxDie。而 Ocelot 其實就是美國總統的間諜，去 Liquid Snake當手下，而 Ocelot 的目的是幫美國總統拿 Baker 的 Metal Gear 詳細資料磁片。 (ps. 此時的美國總統是第三個 Naked Snake 基因複製人，也就是 Solidus Snake。)
註: 這次遊戲結局其實有兩種。 一種就是當玩家在囚禁被拷刑時選擇告訴情報，結局將會是 Meryl 被殺，Solid Snake 和 Otacon逃出。另外一種就是玩家在囚禁被拷刑時選擇沉默，結局將會是 Snake跟 Meryl逃出，而 Otacon則是選擇留下被美國武彈炸死，好讓 Solid Snake 跟 Meryl逃脫，而那時 Otacon 卻不知道美國不會發射飛彈，所以也順利的活下。而顯然的，從第四代遊戲登場人物我們能知道，小島用的結局是第二種。
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2007
Metal Gear Solid 2: Son of Liberty (2001年在PS2發售)
在2007 年，Shadow Moses 事件後的兩年，Solid Snake 和 Otacon 現在是 NGO(non-govermental organization 合法的政府不牽涉組織)的成員。他們調查有關新的 Metal Gear新型號，據說是種兩棲量產型的 Metal Gear，而就是依據當時 Metal Gear Rex所洩露出的程式設計而成。 Solid Snake 從美國的紐約市的喬治華盛頓橋一跳而下，並藉著身上的繩索，安全的降落在他要調查的美國的軍事偽裝油船上。隨後他看到一個由俄羅斯的民族主義者 Sergei Gurlukovic 所領導的恐怖份子也侵入了船上。當 Snake淺入到船的甲板時， 他遇到了 Sergei 的女兒 Olga Gurlukovich， 在與父親無線電通話中，Olga 堅持不離開船，縱使身懷胎兒。
就在 Solid Snake 成功的用麻醉槍讓 Olga 昏睡後，他潛入並找到新型的 Metal Gear 的所在地。新型的 Metal Gear型號為 RAY，是台兩棲型的原型機，Solid Snake 用數位相機照下新型的 Metal Gear RAY。就在一切任務看似順利當中，Ocelot 和他的同盟 Sergei 跑出來挾持船上的上校。之後 Ocelot 背叛了 Sergei ，把他和上校都殺了，並且準備乘坐 Metal Gear RAY 離開，Ocelot 的新右手臂，Liquid Snake 的手臂，突然有了意志並且控制住了整個 Ocelot 的身體和人格，取而代之的是 Liquid Snake 的意志。而 Liquid Snake 也在乘坐 RAY 後摧殘了船，並且逃出了船外。 Solid Snake 則是因為淹進來的大水，生死不明。
2009 (Big Shell)
一個新的 Foxhound小組，派出 Raiden 來解救被恐怖份子挾持的人質，包括美國總統等。這群恐怖組織名為自由之子(Son of Liberty)，而他們還有前美國的反恐組織小組 Dead Cell 來撐腰， 並且他們揚言要毀掉他們挾持人質的地方 Big Shell，一個位於在海上的清除污染場。
Raiden 從水中淺入 Big Shell，而夥伴海豹部隊第 10小組則是從空中進入 Big Shell。 就在 Raiden要跟海豹部隊會面時，他看到了 Dead Cell 的組員 Vamp 用著不可思議的本領把海豹部隊成員一一殺光，而 Raiden 則是和唯一存活的少尉 Iroquois Pliskin 打跑了 Vamp。 而後也看到了"幸運女神" Fortune 展示威能，不論是子彈還是榴彈都攻擊不到她，Fortune也殺光了另一半海豹部隊成員。 Raiden隨後遇到了另一個除了 Pliskin 外存活的海豹部隊成員同時是炸彈專家的 Stillman， 而 Raiden 在他的幫助下拆除了大部分在 Big Shell的炸彈， 而 Raiden在拆除炸彈的途中，和 Dead Cell的組員 Fatman，同時也是 Stillman 的弟子，打了場貓追老鼠戰起來。 雖然 Raiden 成功的解除包跨在 Fatman上的炸彈，但是 Stillman 還是因為 Fatman 的最後一枚炸彈而犧牲了。
在神祕的半機器人忍者 Mr.X幫助下，Solid Snake 找到了總統，從總統口中知道了其實 Big Shell 是個建在一個巨型的新型 Metal Gear上的幌子，稱為 Arsenal Gear。 Arsenal Gear 是船型 Metal Gear 並擁有著強大的超級電腦 "GW"，能力足以控制所有網路上的資料。 總統也說到美國的民主也是個可笑的假象，真正控制國家的是愛國者們 (Patriots)。 Ocelot 隨後殺了美國總統，而 Raiden 則是往他最後的目標前進， 阻止 Arsenal Gear 啟動，和防止核子武器的攻擊。 Pliskin 這時告訴 Raiden，其實他就是 Solid Snake，他要 Raiden 去找尋 Otacon 的同父異母妹妹 Emma Emmerich， 同時也是 Arsenal Gear 的設計師，需要她的協助來運用病毒癱瘓位於 Arsenal Gear 的超級電腦 "GW"。就在 Raiden 和 Emma 在去電腦室完成上傳病毒的路上，Emma 被 Vamp 挾持，雖然 Raiden 成功的在 Vamp的頭上開了一槍打掛了 Vamp，但是 Emma 卻還是被 Vamp 的刀子所傷，隨後雖然上傳了部份的病毒，卻還是失敗， Emma 因為失血過多死亡。Raiden 和 Solid Snake 被迫沒有其他的選擇，只好用武力辦法硬是摧毀 Arsenal Gear。Otacon 和僅存的人質生還者乘坐直升機逃出 Big Shell，而 Raiden 又遇到了 Mr. X， Mr.X 說出其實他就是兩年前俄羅斯人 Olga，隨後便敲暈 Raiden。
Raiden 醒來發現自己裸露在拷刑室，而 Raiden 則是跟恐怖份子領導人 Solidus Snake 面對面。 Solidus Snake 告訴 Raiden，其實 Raiden 以前當過他的養子，當 Raiden 是青少年士兵在某個非洲打戰時，而 Raiden 現在則是個愛國者的探員。而愛國者在 Son of Liberty 小組的內奸 Olga， 則是幫助雷電逃離了拷刑室，Raiden 則是和 Solid Snake 再度會面。就在他們用 Arsenal Gear 殺出重圍時， Raiden 的上校指揮官顯得非常古怪。 Raiden 知道， "上校" 其實是個由超級電腦 GW 藉由上校 Roy Campbell 的資料和 Raiden 自己的預期會發生的事，所創造出的電腦 "上校"，得以控制雷電的一舉一動。 而現在 GW 的現在的古怪、不穩定，就是稍早前上傳的病毒開始侵入損害 GW。
Solid Snake 跑去對他復仇心強烈的 Fortune，Fortune 以為 Solid Snake 在兩年前船上事件殺掉她父親，她父親就是當時船上的美軍上校。而 Raiden 則是跟 25台量產型 Metal Gear RAY 打了起來。 Olga 亂入了戰場，但是被 Solidus Snake 的機器手臂抓住了脖子。Olga 開始對 Raiden 說了話起來， 兩年前她女兒出生後就被愛國者奪走， 並且藉此一直恐嚇她。愛國者要求 Olga 變成雙面間諜來幫助完成 S3 計畫，不然的話就要殺掉她女兒。 就在 Olga 說完話後， Solidus Snake 朝 Olga 頭開了槍，並且把屍體丟在旁邊。 而她最後的遺言是:" 活下去，你必須要活下去! " ，剩下的 Metal Gear RAY開始出了問題，互相攻擊彼此以及 Solidus Snake， 原因就是上傳的病毒起了作用，就這樣 RAY在自相殘殺和 Solidus Snake 的攻擊下，沒剩下半隻。而 Arsenal Gear 則開始失控。 Solid Snake 被 Fortune 抓了起來，而 Raiden 也被 Solidus Snake抓了起來在 Arsenal 的甲板上。就在 Solidus Snake 殘害著 Raiden 時， Ocelot 跑了出來並且說他其實也是愛國者的探員。 而整個現在發生的事件都是為了重演2005年的 Shadow Moses事件，而現在的事件稱為 S3。 S3 為 Solid Snake 仿效，(Solid Snake Simulation) ，目的就是用來讓 Raiden 磨練為完美的士兵，就是看常人能否像有著 Naked Snake 基因的人那樣來完成這樣的事件。 而隨後 Ocelot 殺了自以為"幸運女神"的 Fortune，Fortune 其實是配有某種高科技產品能讓她不被子彈打中。而 Ocelot 乘坐在附近稍微被損傷的 RAY上，並且企圖殺死所有人，朝向 Raiden 等人發射了飛彈，而 Fortune 卻展現了真的超能力讓飛彈全都沒命中，但是隨後 Fortune 就不行了。 而就當 Ocelot 準備再次攻擊時，Liquid Snake 又再次佔據 Ocelot 的身體，並且揚言要殺掉愛國者們，藉著他顧主的知識。 隨後便乘坐 Ray 跳入到海中， 而 Solid Snake 則是鬆綁自己並且跳入海中打算追 Liquid Snake。
失控 Arsenal 一路從海上撞到位於紐約的 Federal Hall。(第一個美國州議會大廈，同時也是第一任總統華盛頓就職的地方) ，Raiden 和 Solidus Snake 則是降落在 Federal Hall上， Solidus Snake 告知 Raiden 他盜取 Arsenal的目的。他想要藉由超級電腦 GW 來干擾愛國者控制所有日常生活所接觸的資訊，因為一直以來愛國者就藉著控制資訊的力量，來保護他們的權力以及感興趣的事物。 所以 Solidus Snake想要藉著 GW 來讓我們有真正得到未被控制資訊的辦法，而非就是讓愛國者控制、給予所有我們能知道的資訊，而讓我們變成真正的 "自由之子"。這時 Raiden 接到了"上校"的無線電，"上校"並沒有真的隨著超級電腦 GW 而消失，而是繼續下去。 它是一個沒有型體的東西，而它象徵的就是美國道德原則本身。它說早在前半世紀以前，它們就開始改照大眾的基因計劃，得以控制人們的基因所會遺傳的東西。而 它說並沒有打算控制人的一舉動藉著控制資訊，而是做出一個好的生活環境讓人們在那樣的環境下生存，它們擋掉了那些不需要的東西，像是毀謗等等。為的就是讓 人們能生長在這樣較好的環境下，而日後變成更有道德觀的人們，像是減少恐怖份子率等等。而它也提到有關S3的計畫，其實不是Solid Snake Simulation，而是社會健全篩選計畫。 (Selection for Society Sanity) 最終目的不是為了測試 Raiden 能否變成完美士兵，而是測試它們所製照出來的環境假象能否讓人執行。 而它也說到其實 Shadow Moses 是這次事件前它們所做的演習。而它最後威脅 Raiden 殺掉 Solidus Snake，不然就殺掉 Olga 的女兒，而 Raiden 也照做了。
而後 Solid Snake 告訴 Raiden 為自己的理念而戰，而自己靠著拿到的愛國者人名單打算去找他們。
在製作名單後的無線電，這次是 Otacon 和 Solid Snake。Otacon 說 12人名單中有個是他們 NGO組織的最大贊助商，最重要的是他們 12人早在約100年前就死光了。
註: 這次是MGS系列第一次提到愛國者，這次最深入了解的是控制資訊的 "它"，而"它"跟愛國者之間又有什麼關聯呢? 想必MGS4中，小島會向大家解答。
2.Metal Gear 系列年代先後順序：
Metal Gear Solid 3：Snake Eater（PS2版）
Metal Gear Solid OPS（PSP版）
Metal Gear（MSX2版）
Metal Gear 2（MSX2版）
Metal Gear Solid（PS版）
Metal Gear Solid 2：Son of Liberty（PS2版）
Metal Gear Solid 4：Guns of the Patriots（PS3版）
1964（美國跟蘇聯冷戰時期）
Metal Gear Solid 3 : Snake Eater（2004 在PS2上發售）
代 號 Naked Snake (本名 Jack) 被派去蘇聯救出蘇俄科學家 Sokolov，一位被囚禁、製作 Metal Gear Shagohod 的核子武器家。Snake透過無線電跟他出任務所屬的 Fox小隊來進行任務。 Fox小隊包括恩師以及對Snake來說算是母親的 The Boss，Major Tom (戰術指導)、Para-medic (動物、醫藥指導)、和Sigint (武器指導)。
就 當任務結束，一切都看似順利的情況下， Snake帶著 Sokolov 要去直升機迎接點時，Snake 在吊橋上遇到了 The Boss。不過此時The Boss是帶領著她以前在戰場上的眼鏡蛇小組 (Cobra unit)，她加入了蘇聯 Volgin的軍隊，背叛美國政府。 Snake 在吊橋上跟 The Boss打鬥，The Boss 把 Snake 丟下吊橋，落入下面的急流中，Snake 身受重傷。 而後 Volgin 朝向自己的蘇聯的軍隊射了一發 The Boss給他的小型核彈 (Davy Crockett)，目的為的就是讓蘇聯政府混淆視聽，以為是美國幹的。
一個禮拜以後，Major Tom 要 Snake 重新上任務。俄羅斯責怪美國一週前的核彈爆發事件，並要求美國馬上證明他們的清白，不然就對美國展開戰爭。美國第36任總統 Lyndon Baines Johnson 在跟蘇聯總理 Nikita Sergeyevich Khrushchyov 的密談中承諾，他們會阻止 Volgin 使用 Metal Gear Shagohod，並以叛國者的罪刑殺掉 The Boss。所以 Snake 又跟著 Fox組織出任務。
Major Zero (Major Tom 改了他的代號名稱)、Para-medic、Sighit。 Snake又回到了原本救 Sokolov 的地方來跟 Fox小隊在 Volgin 軍隊裡的間諜見面，間諜的代號名稱 Adam，但找到的卻是代號 EVA 的女性。兩人見面後的早上，Snake 跟 Volgin 軍隊旗下的特種小隊山貓部隊打了起來，由年輕的 Ocelot 領導著這個小隊， Snake 用著戰場上豐富的經驗打贏了這個小隊，並放了 Ocelot 一條生路，說他還年輕。而後在完成任務途中，Snake 又跟 Ocelot 第二次衝突，跟眼鏡蛇小組作戰，the Pain、the Fear、the Fury，the End。就這樣一路過關斬將
Snake 來到了 Groznyj Grad，Volgin 放置 Shagohod 的地方，Snake決定先去救 Sokolov 。他偽裝成裡面的一個上校 Raikov (Raiden惡搞角色)，進入到囚禁 Sokolov 的地方。但是而後 Volgin 進來，並且抓了 Snake 蛋蛋（Raikov 是 Volgin 的地下情人），Snake被認出，隨即被囚禁拷打。 ，就在拷刑過程中，Ocelot 用著他的左輪一顆、一顆的瞄準著 EVA，(裡面只放一顆真子彈) 逼著 Snake 招供，而 Snake 看準著 Ocelot 準備開向有子彈的槍孔瞬間，撞了 ocelot、而子彈就這樣打瞎了Snake的右眼，這時 The Boss 勸服 Volgin 以後再來拷問
Snake 也在那之前逃了出去。 Snake 藉著 EVA 的幫忙，任務繼續下去。在 Snake 再度朝向摧毀 Shagohod 前去時，他知道了一些有關於賢者們(Philosophers，之後變成稱愛國者、Patriots，La-Li-Lu-Le-Lo)的事。他們來自美 國、蘇聯、中國，是幕後有最高權力的人掌管世界的人。 (各國總統誰當、戰爭要不要引起，總總大小事都他們管) ，世界大戰二之後，他們開始起了爭執，而組織也就這樣消失了。賢者的遺產，(Philosopher's Legacy)，是一筆高達一兆的資金，當時是賢者們募集起來打算用在資助在戰爭上。 而 Volgin 藉由父親的關係得到了這筆資金，Snake 也知道了美國政府想拿回這筆資金。
Snake 來到了 Shagohod 所在地，打算用定時炸彈摧毀它，卻被 Volgin 發現，兩人就這樣打了起來，打贏了 Volgin，Snake 成功的讓炸彈引爆，並逃離了 Shagohod 所在的工廠。然而卻沒想到 Volgin 竟然沒死之外，還開著 Shagohod 猛追Snake。一場對決之後，Snake 跟 EVA 的聯手下，摧毀了 Shagohod。Snake 和在途中受重傷 EVA 就這樣一路逃亡到湖邊的飛機，而Snake 在上飛機前，去面對 The Boss來場最終的對決。對戰前，The Boss 告訴 Snake，她在一次戰役中生了一個小孩，(孩子的爸爸是 The Sorrow)。但她不並知道這個小孩的下落。在這之前，EVA 曾透過無線電跟 Snake 說過，Ocelot 為什麼在這麼年輕就能當上少將，因為他雙親是傳奇士兵。 而生Ocelot時，他母親需要剖腹生產，而他母親留下了一個長條蛇狀的疤。由這些就可以間接證明，The Boss的小孩是Ocelot。 The Boss告訴 Snake，如果他想要完成任務，就必須殺死她。 而 Snake 壓抑了自己的情感完成了他的任務。就在 Snake 跟 EVA 起飛要逃離時，Ocelot 追了上來，並進入飛機中。說要跟 Snake 來場比運氣的射槍。兩把左輪、其中一把中有顆子彈，而其實那顆子彈也是空砲彈。就這樣跟Snake 說了幾句就跳下了飛機，掉入湖中。
Snake 和 EVA 來到了阿拉斯加，並且和 EVA 慶祝任務的成功。 隔天早上，EVA 不見人影，只剩一捲錄音帶，EVA 告訴 Snake他其實是為中國政府做事的間諜，是來盜取賢者的遺產。而 The Boss 之所以看似叛變美國政府，其實都是美國政府給她的任務，要她竊取賢者的遺產，只是沒料到 Volgin 引爆小型核彈，所以只好犧牲自己、來幫美國政府平穩蘇聯的憤怒。 The Boss 所做的一切，不會被任何人知道，一切只會存在 Snake 的心中。她在其他眾人、歷史中，只會被當做一個冷血幫助發射核彈、和一個國際罪犯背叛自己國家。 Snake在 Berkely 被給予 The Big Boss 的稱號，Snake 授完勳章後就提早離開了慶祝會。他去了一個無名墓碑，上面寫著"紀念一個拯救世界的愛國者"，Snake獻上了鮮花跟The Boss的愛槍，而後Snake給墓碑一個敬禮，並留下了男子漢的眼淚。
在製作名單後，有著 Ocelot 跟其他人對話。 Ocelot其實就是亞當，EVA拿走的那一半賢者遺產是假的，而Snake則是幫美國拿回了一半，而 Ocelot其實是幫 CIA工作。 (ps.他到處當間碟，也不是真的是CIA)
註: Volgin是當時的蘇聯政府反叛軍，他是幫以後會當上總理的 Leonid Brezhnev。
這一代整個事件可以簡稱為Groznyj Grad，Shagohood 所藏的地點。
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1970 (San Hieronymo)
Metal Gear Solid: Portable Ops (2006在PSP上發售)
Snake 得到 Big Boss稱號六年後，他退出了 Fox小隊，並且拒絕使用 Big Boss 稱號，保留了原本的代號 Snake。
新 的 Fox小隊從原本隸屬於 CIA，變成了叛亂組織。 而 Snake 成了 FOX小隊的攻擊目標，遊戲一開始 Snake 就被 Fox小隊囚禁，並且被裡面的一個成員中尉 Cunningham 拷刑，他問Snake有關那消失的另一半賢者遺產，美國有 Snake 拿回來的一半。Snake被關在 Roy Campbell旁邊，一個被派來這裡調查的美國特種部隊成員。 Snake從 Campbell 口中得知，他們現在是被囚禁在位於哥倫比亞一個已經被遺棄的隱密蘇聯飛彈發射站。
之後 Snake 和 Campell 從監獄逃了出來， Snake 朝通訊台去， 他打算跟他以前的Fox小組夥伴 Major Zero 連絡。然而他並沒有聯絡上 Major Zero，反而是遇到了以前的 Fox小組夥伴，Para-Medic 和 Sigint。他們跟 Snake 說，Snake 和 Major Zero 現在被冠上背叛的罪名，唯一解除的辦法就是找到，並逮捕現任的 Fox小組領導人 Gene。Gene 有控制他人的聲音能力，而他在此處說服了大部分還被留守在這的蘇聯紅衛兵加入他的軍隊，而 Snake 也必須說服裡面的士兵來幫忙完成他的任務。
就 這樣 Snake 和他的小隊陸續打敗了 Fox小隊的高階組員，Null 算是之中最要的一位(後來變成了我們所知道的隱形忍者 Gray Fox)。然後他們朝著 Gene 的大本營前去。路途上，Snake 也得知了很多情報。 Cunningham 是為五角大廈工作，他想要 Snake 迫使 Gene 對蘇聯
發射核彈來延長冷戰的時間，好讓五角大廈能繼續保有他們重要情資的地位。(五角大廈是美國的國防部，包括了控 制軍隊的行動等等) 而其實從一開始 Gene 就有注意到 Cunningham 的計畫，因為他有得到 Ocelot 的情報。 所以 Gene 其實是想要對美國發射核彈，來摧毀美國的賢者們，然後建立一個屬予他的士兵國度，"Amry's Heaven"。 Snake 打敗了 Gene，隨後也打沉要飛向美國五角大廈的 Metal Gear 核彈。 而 Gene 在臨死之前，給了 Snake 一個資料片，裡面有 Gene 所募集的資金、設備，跟人才。Gene 大致說到：你跟我是一樣的，總有一天你會利用到他的，去尋找你的使命吧。
遊戲場景來到 了 Ocelot 處，他跟 CIA 的最高長官見面，Ocelot 是賢者的三面間諜。 他說是來接應 CIA 長官是因為核彈朝五角飛來，CIA長官說到他要先把賢者的名單、資料，賢者遺產資料，跟他帶著一起走。 而 Ocelot 聽到了他想要的東西，並把 CIA長官殺死。在CIA長官死前，Ocelot 說到有了這份名單，他就能解決賢者們，並且延續真正的愛國者意志。
而 Snake 在最後跟 Campbell 說話說到，他只能再戰場中生存，並且他必須把繼承的東西遺傳下去（Gene給的），他成立了Foxhound小隊。
Ocelot 跟不知名人士打起了電話。Ocelot 說到，一切有關奪取賢者們的資料、和遺產計畫，都在和他對話的人士計畫中。 也說到了以後的一些計畫，士兵的戰鬥資料，基因。 而 Ocelot 跟這個人說了一個條件，他要 Big Boss 的協助，如此一來，他們便能成立愛國者們。
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1972
Les Enfants Terribles
一個利用 Big Boss Naked Snake 的血液來製作最終士兵的實驗。 而最終得到的成果為三個"terrible children"。 分別為Solid Snake、Liquid Snake，和 Solidus Snake。
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1995 (Outer Heaven)
Metal Gear (1987在MSX2上發售)
一 個位於南部分洲的軍事基地 Outer Heaven，據說是一位"傳說中的傭兵"創立，有消息指出 Outer Heaven 正在建造一個火力強大的兵器。政府要特種部隊 Foxhound， 派出人手來調查，解決在 Outer Heaven 的危險。 Foxhound 派出 Gray Fox 調查 Outer Heaven 潛在的危險。 幾天後，Gray Fox 失去了連絡，而最後的訊息是"Metal Gear..."
所以 Foxhound 最新的人選，就變成由 Big Boss 指派的 Solid Snake，任務是救出 Gray Fox 和完成 Gray Fox 沒完成的任務，任務名為 "Opeartion: Intrude N313"。 當 Solid Snake 潛入了 Outer Heaven，他認識了一些當地的反派組織夥伴，分別是 Kyle Schneider，Diane 和 Jennifer。就這樣 Solid Snake 運用他所有的所學能力、和沿途拿的道具，Solid Snake 救出了 Gray Fox。他從 Gray Fox 口中得知 Metal Gear 是有著能在何時何地發射核彈的移動坦克，而且本身還具備著極優越的作戰能力。 Outer Heaven 打算藉由 Metal Gear來佔領世界。
為了能摧毀 Metal Gear，Solid Snake 救了一個最主要的 Metal Gear 設計師 Dr. Pettrovich，和他的女兒 Elen Pettrovich。得知了如何摧毀 Metal Gear， Solid Snake 也擊敗了幾乎整個 Outer Heaven 的武力。 Solid Snake 也慢慢注意整個事情太不合常理，事情絕不單純，他的夥伴之一，Schneider 被敵人偷襲致死。 其中一個 Solid Snake 最後救的人質告訴他，那個神祕的 "傳說中的傭兵" ，就是 Big Boss，而整個 Outer Heaven 就是在他指揮下。
而 Solid Snake 趕在 Metal Gear 完成前摧毀了他。接著他遇到了 Big Boss，Big Boss運用他在美國政府的關係來竊取軍事資料，藉此來創造自己的傭兵武力。 他的計畫就是讓 Outer Heaven 變成世界的最強國，縱使西方先進國也要屈服在他的腳下。他當初要新人的 Solid Snake 來出任務，就是認為他會被抓、然後給美國政府錯誤的情報。不過很顯然地他低估了 Solid Snake。
Big Boss 開始自我毀滅他所創立的 Outer Heaven 並攻擊 Solid Snake。Solid Snake 打倒了 Big Boss， 並從大火燃燒中的 Outer Heaven 逃了出來。
遊戲製作人員名單之後，出現一個來自 Big Boss 的信息。 他說他將會再次遇到 Solid Snake。
註: MSX 2 上的兩款 Metal Gear 因為製作年代較為久遠，那時小島看起來也還沒把龐大的MGS系列劇情做個系統性規劃，(愛國者那些) 所以 Big Boss 在這兩個原本的MG系列，看起來就像個像統治世界的瘋子。並不像MGS3 和 Ops上，那樣有把 Big Boss的感情、想法表現出來。所以這兩款 MG 系列，劇情重要性就不要看這麼重。
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1999 (Zanzibar)
Metal Gear 2: Solid Snake (1990在MSX上發售)
在1990 年，蘇聯跟美國之間的冷戰平穩了下來，並且強國之間有了不用核子武器約束，來讓世界面對光明的21世紀。無論如何，世界並不是那麼平穩。油價的上漲，油的 產量減少，造成了世界性的問題。縱使有新的能源科技，但是世界上的騎乘物還是以石油需求居多。油的存貨量到達了明顯的不足，各國之間認真的打算挖沙漠、和 頁岩油，縱使那是困難重重的事；或是用其他的能源方案。
而這些所有的方案，在捷克生化工程科學家 Dr.Kio Marv眼裡是多麼無意義。他成功培育出了新的海藻種類 Oilix，Oilix可以輕鬆的創造出相當於石油能量的碳氫化合物。他在布拉格的世界能源會議中展示了這個技術，並且接著打算去美國說明這個新技術。就 在往美國的途中， Marv被來自桑吉巴(Zanzibar，位於非洲)的士兵綁架。 北大西洋公約組織發現 Zanzibar的領袖打算管理世界，藉由著掌管世界能源和所盜取來的核子武器。於是 Solid Snake 又被新的 Foxhound 的指揮官 Roy Campbell 叫來拯救 Dr. Marv (ps.Campbell時間表上最先出現的是在OPS裡)
就在 Solid Snake 任務的途中，他與一些人合作，包跨 CIA 間諜做採訪員的 Holly White，StB探員 Natasha Marcova (Gustava Heffner)(Dr.Marv 的保鏢)。
Snake 與Petrovich Madnar (Drago Pettrovich Madnar)再次見面，他表示他又再度被綁架來做另外一個 Metal Gear計劃，稱為 Metal Gear D。並且同時幫忙設計沒有核武的量產型 Metal Gear。 Solid Snake 也從 Dr.Madnar 口中得知，Big Boss 沒有死，而他也是現在掌管 Zanzibar島的人。
隨後 Solid Snake 前往拘留 Dr.Marv 的場所，而 Gustava 在途中被 Metal Gear D的飛彈打死，Dr.Madnar 又被敵人抓回去。 Solid Snake 則是逃過了一劫，並且知道 Metal Gear D 的駕駛者就是以前在 Outer Heaven 的夥伴 Gray Fox。 Solid Snake 打倒了在 Zanzibar 島的傭兵精英，並且成功的到達了 Dr.Marv 的拘留處。
但事實 上，Solid Snake 來的太晚了，他找到了 Dr.Marv 被嚴重拷刑的屍體，而他也又看到了 Dr.Madnar，Dr.Madnar 告訴 Solid Snake 他沒辦法拯救Dr.Marv。 隨後當 Solid Snake 找到了 Dr.Marv 的 Oilix 海藻配方時，Holly White 打無線來告訴 Solid Snake，其實 Dr.Madnar 並沒有被綁架，他是自願幫忙做 Metal Gear。當真相被揭發後，Dr. Madnar 朝 Solid Snake 攻擊，當然 Solid Snake 輕鬆擺平了他。
Solid Snake 面對以前的夥伴 Gray Fox 和他所駕駛的 Metal Gear D，隨後打敗了 Metal Gear D，並且和 Gray Fox 來個拳頭對拳頭的肉搏戰。
當 Solid Snake 打敗 Gray Fox 和之前拿到的 Oilix 配方準備逃亡時，他見到了 Big Boss。 Solid Snake 因為沒了裝備，所以只好在所能的範圍中，找能用的武器。他用找到的氣熔膠跟打火機，自己做了土製噴火器，並用它打敗了最強的士兵 Big Boss。第二次、也是最後一次打敗 Big Boss。 Solid Snake 和 Holly White 一起逃出了 Zanzibar，並且把 Oilix 配方給 Campbell 完成了他們的任務。
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2005 (Shadow Moses)
Metal Gear Solid (1998 在 PS上發售)
在2005 年，Foxhound小隊和一個未來科技的特種部隊小組，領導著一個在阿拉斯加的狐狸島上的武裝暴動。 他們的基地稱之為 Shadow Moses，是一個能發射核武的核子武器場，並且他們有著能發射核彈活動坦克車，Metal Gear REX。他們威脅美國政府在 24小時內把"傳說中的傭兵" Big Boss 的遺體給他們， 不然的話就要對美國動用核武。
Solid Snake 再次被 Roy Campbell 派遣去解決這個事件，不同的是 Campbell 不再是Foxhound小組的指揮官而是陸軍上校。Solid Snake 同時被命令去救出美國國防部高等研究計劃局局長 Donald Anderson 和技術部門的總管 Kenneth Baker。 而就當Solid Snake 成功潛入並找到 Anderson 時，他從 Anderson 口中得知 Metal Gear REX 所在的場所，但忽然間 Anderson 卻死於疑似心臟病。而後 Solid Snake 又找到另外一個俘虜 Baker，不過被左輪山貓 Ocelot 綑綁在佈滿炸彈的鐵絲中，Solid Snake 就跟 Ocelot 打了起來。就在途中，一名神祕的半機器人忍者亂入在戰局中，並且砍掉 Ocelot 右手臂和把綁住 Baker的柱子砍壞，而 Solid Snake 則是跟忍者稍微切磋了一下，忍者和 Ocelot 隨後都跑走了。 而 Solid Snake 從 Baker 口中得知有關 Metal Gear 的計畫案，而隨後 Baker 也像 Anderson 一樣，死於疑似急性心臟病下。
Solid Snake 用無線電連絡上稍早前關在 Anderson 旁的女士兵囚犯 Meryl Silverburgh，並且 Meryl 同意和 Solid Snake 碰面，在 Solid Snake 找到Metal Gear REX的設計者 Hal "Otacon" Emmerich。 Solid Snake 在實驗室中找到了 Otacon，半機器人忍者這時也出現了，Solid Snake 察覺到這忍者其實就是多年以前就已經死掉的戰友 Gray Fox。 就這樣和 Gray Fox 打了起來，而 Gray Fox 看似被打到機器故障，而撤隊走了。 而在跟 Otacon 談話中，Otacon 終於明白知道，原來他是在做威脅美國的武器 Metal Gear 這個事實，Otacon 一直以為他是在做有關國家自我防衛的 Metal Gear， Otacon 隨後決定藉著無線電幫助 Solid Snake， 而他自己則是穿著隱形迷彩來躲過敵人。 隨後 Snake 就和 Meryl 見面，他們兩個也同意一起完成這次的任務。 他們兩個一起去地下基地的路上，他們被 Foxhound小組的 狙擊之狼(Sniper Wolf)偷襲，Meryl 中彈，Solid Snake 被逮捕。
就在 Solid Snake 被囚禁當中，Liquid Snake 告訴 Solid Snake 其實他們是雙胞胎兄弟。 Solid Snake 在囚禁期間，終於逮到機會逃出到外面。
Solid Snake 前往 Shadow Moses主要場所。他得知稍早前碰面的 Anderson 其實不是本人，而是 Foxhound小隊的迷彩章魚(Decoy Octopus)。 而後，一個無線電上合作的隊友 Master Miller 匯報 Solid Snake 其實另外一個支援隊友 醫生 Naomi Hunter，她在 Solid Snake 出任務前，就給 他打了名叫 "FoxDie" 的病毒， Naomi 也偷偷的和 Shadow Moses 有訊息秘密來往。 而 Campbell 隨後也逮捕 Naomi。 "FoxDie" 病毒是種會讓有特別基因的人死於心臟病的病毒，這也解釋為什麼稍早前 Decoy Octopus 和 Baker會死掉的原因。而 Naomi 也向 Solid Snake 承認，加入這次的任務就是為了阻止任務的成功。 但是因為知道了 Solid Snake 的過去，她也不再有心致他於死地，所以她重新設計 FoxDie 病毒， 讓 Solid Snake 不會馬上死於病毒。
Solid Snake 在 Metal Gear REX 所在的位置竊聽到了有關如何阻止 REX 啟動的辦法。 照著那個方法去做時，沒想到卻啟動了 REX。 而夥伴 Master Miller 用無線電打來跟 Snake說其實他就是 Liquid Snake，並且告訴 Solid Snake， 他和 Solid Snake 其實是 Big Boss 的基因複製人，他們是在1972年的 Les Enfants Terribles計畫中被創造出來，而他也告訴 Solid Snake，Solid Snake 有著Big Boss 強壯的顯性基因、而他卻只有隱性基因，對於這點他恨死 Solid Snake 把所有好的基因都拿走。
在 Gray Fox 的犧牲性命下， Solid Snake 摧毀了 Liquid Snake所駕駛的 REX， 並在在肉搏戰中打贏了 Liquid Snake。 和 Meryl重逢，他們逃出 Shadow Moses，然而 Liquid Snake 又追了上來。 當他們逃出了 Shadow Moses 同時，Liquid 卻在最後死在 FoxDie。 Campbell 則是命令空中支援，破壞在 Shadow Moses證據， 並且宣佈 Solid Snake 已經在任務中死亡，讓美國政府以後不要再找 Solid Snake。 而 Solid Snake 也在最後跟 Meryl 的對話中說到，他不想再只是聽從政府的工具，他想要為自己的信仰而戰。
在結局過後，聽到了 Ocelot 跟美國總統的對話。Ocelot 說到 Liquid Snake 其實才是有著最優良的 Big Boss 顯性基因的人、而不是 Solid Snake 。而 Solid Snake 體內的 FoxDie 則是因為 Naomi 重新設計病毒的關係，所以無從得知 Solid Snake 到底什麼時候在會死於 FoxDie。而 Ocelot 其實就是美國總統的間諜，去 Liquid Snake當手下，而 Ocelot 的目的是幫美國總統拿 Baker 的 Metal Gear 詳細資料磁片。 (ps. 此時的美國總統是第三個 Naked Snake 基因複製人，也就是 Solidus Snake。)
註: 這次遊戲結局其實有兩種。 一種就是當玩家在囚禁被拷刑時選擇告訴情報，結局將會是 Meryl 被殺，Solid Snake 和 Otacon逃出。另外一種就是玩家在囚禁被拷刑時選擇沉默，結局將會是 Snake跟 Meryl逃出，而 Otacon則是選擇留下被美國武彈炸死，好讓 Solid Snake 跟 Meryl逃脫，而那時 Otacon 卻不知道美國不會發射飛彈，所以也順利的活下。而顯然的，從第四代遊戲登場人物我們能知道，小島用的結局是第二種。
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2007
Metal Gear Solid 2: Son of Liberty (2001年在PS2發售)
在2007 年，Shadow Moses 事件後的兩年，Solid Snake 和 Otacon 現在是 NGO(non-govermental organization 合法的政府不牽涉組織)的成員。他們調查有關新的 Metal Gear新型號，據說是種兩棲量產型的 Metal Gear，而就是依據當時 Metal Gear Rex所洩露出的程式設計而成。 Solid Snake 從美國的紐約市的喬治華盛頓橋一跳而下，並藉著身上的繩索，安全的降落在他要調查的美國的軍事偽裝油船上。隨後他看到一個由俄羅斯的民族主義者 Sergei Gurlukovic 所領導的恐怖份子也侵入了船上。當 Snake淺入到船的甲板時， 他遇到了 Sergei 的女兒 Olga Gurlukovich， 在與父親無線電通話中，Olga 堅持不離開船，縱使身懷胎兒。
就在 Solid Snake 成功的用麻醉槍讓 Olga 昏睡後，他潛入並找到新型的 Metal Gear 的所在地。新型的 Metal Gear型號為 RAY，是台兩棲型的原型機，Solid Snake 用數位相機照下新型的 Metal Gear RAY。就在一切任務看似順利當中，Ocelot 和他的同盟 Sergei 跑出來挾持船上的上校。之後 Ocelot 背叛了 Sergei ，把他和上校都殺了，並且準備乘坐 Metal Gear RAY 離開，Ocelot 的新右手臂，Liquid Snake 的手臂，突然有了意志並且控制住了整個 Ocelot 的身體和人格，取而代之的是 Liquid Snake 的意志。而 Liquid Snake 也在乘坐 RAY 後摧殘了船，並且逃出了船外。 Solid Snake 則是因為淹進來的大水，生死不明。
2009 (Big Shell)
一個新的 Foxhound小組，派出 Raiden 來解救被恐怖份子挾持的人質，包括美國總統等。這群恐怖組織名為自由之子(Son of Liberty)，而他們還有前美國的反恐組織小組 Dead Cell 來撐腰， 並且他們揚言要毀掉他們挾持人質的地方 Big Shell，一個位於在海上的清除污染場。
Raiden 從水中淺入 Big Shell，而夥伴海豹部隊第 10小組則是從空中進入 Big Shell。 就在 Raiden要跟海豹部隊會面時，他看到了 Dead Cell 的組員 Vamp 用著不可思議的本領把海豹部隊成員一一殺光，而 Raiden 則是和唯一存活的少尉 Iroquois Pliskin 打跑了 Vamp。 而後也看到了"幸運女神" Fortune 展示威能，不論是子彈還是榴彈都攻擊不到她，Fortune也殺光了另一半海豹部隊成員。 Raiden隨後遇到了另一個除了 Pliskin 外存活的海豹部隊成員同時是炸彈專家的 Stillman， 而 Raiden 在他的幫助下拆除了大部分在 Big Shell的炸彈， 而 Raiden在拆除炸彈的途中，和 Dead Cell的組員 Fatman，同時也是 Stillman 的弟子，打了場貓追老鼠戰起來。 雖然 Raiden 成功的解除包跨在 Fatman上的炸彈，但是 Stillman 還是因為 Fatman 的最後一枚炸彈而犧牲了。
在神祕的半機器人忍者 Mr.X幫助下，Solid Snake 找到了總統，從總統口中知道了其實 Big Shell 是個建在一個巨型的新型 Metal Gear上的幌子，稱為 Arsenal Gear。 Arsenal Gear 是船型 Metal Gear 並擁有著強大的超級電腦 "GW"，能力足以控制所有網路上的資料。 總統也說到美國的民主也是個可笑的假象，真正控制國家的是愛國者們 (Patriots)。 Ocelot 隨後殺了美國總統，而 Raiden 則是往他最後的目標前進， 阻止 Arsenal Gear 啟動，和防止核子武器的攻擊。 Pliskin 這時告訴 Raiden，其實他就是 Solid Snake，他要 Raiden 去找尋 Otacon 的同父異母妹妹 Emma Emmerich， 同時也是 Arsenal Gear 的設計師，需要她的協助來運用病毒癱瘓位於 Arsenal Gear 的超級電腦 "GW"。就在 Raiden 和 Emma 在去電腦室完成上傳病毒的路上，Emma 被 Vamp 挾持，雖然 Raiden 成功的在 Vamp的頭上開了一槍打掛了 Vamp，但是 Emma 卻還是被 Vamp 的刀子所傷，隨後雖然上傳了部份的病毒，卻還是失敗， Emma 因為失血過多死亡。Raiden 和 Solid Snake 被迫沒有其他的選擇，只好用武力辦法硬是摧毀 Arsenal Gear。Otacon 和僅存的人質生還者乘坐直升機逃出 Big Shell，而 Raiden 又遇到了 Mr. X， Mr.X 說出其實他就是兩年前俄羅斯人 Olga，隨後便敲暈 Raiden。
Raiden 醒來發現自己裸露在拷刑室，而 Raiden 則是跟恐怖份子領導人 Solidus Snake 面對面。 Solidus Snake 告訴 Raiden，其實 Raiden 以前當過他的養子，當 Raiden 是青少年士兵在某個非洲打戰時，而 Raiden 現在則是個愛國者的探員。而愛國者在 Son of Liberty 小組的內奸 Olga， 則是幫助雷電逃離了拷刑室，Raiden 則是和 Solid Snake 再度會面。就在他們用 Arsenal Gear 殺出重圍時， Raiden 的上校指揮官顯得非常古怪。 Raiden 知道， "上校" 其實是個由超級電腦 GW 藉由上校 Roy Campbell 的資料和 Raiden 自己的預期會發生的事，所創造出的電腦 "上校"，得以控制雷電的一舉一動。 而現在 GW 的現在的古怪、不穩定，就是稍早前上傳的病毒開始侵入損害 GW。
Solid Snake 跑去對他復仇心強烈的 Fortune，Fortune 以為 Solid Snake 在兩年前船上事件殺掉她父親，她父親就是當時船上的美軍上校。而 Raiden 則是跟 25台量產型 Metal Gear RAY 打了起來。 Olga 亂入了戰場，但是被 Solidus Snake 的機器手臂抓住了脖子。Olga 開始對 Raiden 說了話起來， 兩年前她女兒出生後就被愛國者奪走， 並且藉此一直恐嚇她。愛國者要求 Olga 變成雙面間諜來幫助完成 S3 計畫，不然的話就要殺掉她女兒。 就在 Olga 說完話後， Solidus Snake 朝 Olga 頭開了槍，並且把屍體丟在旁邊。 而她最後的遺言是:" 活下去，你必須要活下去! " ，剩下的 Metal Gear RAY開始出了問題，互相攻擊彼此以及 Solidus Snake， 原因就是上傳的病毒起了作用，就這樣 RAY在自相殘殺和 Solidus Snake 的攻擊下，沒剩下半隻。而 Arsenal Gear 則開始失控。 Solid Snake 被 Fortune 抓了起來，而 Raiden 也被 Solidus Snake抓了起來在 Arsenal 的甲板上。就在 Solidus Snake 殘害著 Raiden 時， Ocelot 跑了出來並且說他其實也是愛國者的探員。 而整個現在發生的事件都是為了重演2005年的 Shadow Moses事件，而現在的事件稱為 S3。 S3 為 Solid Snake 仿效，(Solid Snake Simulation) ，目的就是用來讓 Raiden 磨練為完美的士兵，就是看常人能否像有著 Naked Snake 基因的人那樣來完成這樣的事件。 而隨後 Ocelot 殺了自以為"幸運女神"的 Fortune，Fortune 其實是配有某種高科技產品能讓她不被子彈打中。而 Ocelot 乘坐在附近稍微被損傷的 RAY上，並且企圖殺死所有人，朝向 Raiden 等人發射了飛彈，而 Fortune 卻展現了真的超能力讓飛彈全都沒命中，但是隨後 Fortune 就不行了。 而就當 Ocelot 準備再次攻擊時，Liquid Snake 又再次佔據 Ocelot 的身體，並且揚言要殺掉愛國者們，藉著他顧主的知識。 隨後便乘坐 Ray 跳入到海中， 而 Solid Snake 則是鬆綁自己並且跳入海中打算追 Liquid Snake。
失控 Arsenal 一路從海上撞到位於紐約的 Federal Hall。(第一個美國州議會大廈，同時也是第一任總統華盛頓就職的地方) ，Raiden 和 Solidus Snake 則是降落在 Federal Hall上， Solidus Snake 告知 Raiden 他盜取 Arsenal的目的。他想要藉由超級電腦 GW 來干擾愛國者控制所有日常生活所接觸的資訊，因為一直以來愛國者就藉著控制資訊的力量，來保護他們的權力以及感興趣的事物。 所以 Solidus Snake想要藉著 GW 來讓我們有真正得到未被控制資訊的辦法，而非就是讓愛國者控制、給予所有我們能知道的資訊，而讓我們變成真正的 "自由之子"。這時 Raiden 接到了"上校"的無線電，"上校"並沒有真的隨著超級電腦 GW 而消失，而是繼續下去。 它是一個沒有型體的東西，而它象徵的就是美國道德原則本身。它說早在前半世紀以前，它們就開始改照大眾的基因計劃，得以控制人們的基因所會遺傳的東西。而 它說並沒有打算控制人的一舉動藉著控制資訊，而是做出一個好的生活環境讓人們在那樣的環境下生存，它們擋掉了那些不需要的東西，像是毀謗等等。為的就是讓 人們能生長在這樣較好的環境下，而日後變成更有道德觀的人們，像是減少恐怖份子率等等。而它也提到有關S3的計畫，其實不是Solid Snake Simulation，而是社會健全篩選計畫。 (Selection for Society Sanity) 最終目的不是為了測試 Raiden 能否變成完美士兵，而是測試它們所製照出來的環境假象能否讓人執行。 而它也說到其實 Shadow Moses 是這次事件前它們所做的演習。而它最後威脅 Raiden 殺掉 Solidus Snake，不然就殺掉 Olga 的女兒，而 Raiden 也照做了。
而後 Solid Snake 告訴 Raiden 為自己的理念而戰，而自己靠著拿到的愛國者人名單打算去找他們。
在製作名單後的無線電，這次是 Otacon 和 Solid Snake。Otacon 說 12人名單中有個是他們 NGO組織的最大贊助商，最重要的是他們 12人早在約100年前就死光了。
註: 這次是MGS系列第一次提到愛國者，這次最深入了解的是控制資訊的 "它"，而"它"跟愛國者之間又有什麼關聯呢? 想必MGS4中，小島會向大家解答。
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封存回憶紀錄(10)
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